高通量測序已經(jīng)越來越多的用于生物學(xué)的研究。這些海量的數(shù)據(jù)中包含多種可用于進(jìn)化和保護(hù)研究的分子標(biāo)記。其中，微衛(wèi)星分子標(biāo)記由于其多態(tài)性較高，易于擴(kuò)增等特點(diǎn)，廣泛的用于種群及保護(hù)遺傳研究中。
成都生物研究所曾曉茂研究員團(tuán)組成員夏云博士，針對(duì)兩棲類微衛(wèi)星跨物種擴(kuò)增困難，而高通量測序相對(duì)便利的背景下，探討了不同來源，不同拼接方法，測序深度等對(duì)微衛(wèi)星篩選結(jié)果的影響。對(duì)利用高通量數(shù)據(jù)篩選微衛(wèi)星標(biāo)記提供了綜合性的評(píng)估。研究發(fā)現(xiàn)，微衛(wèi)星篩選的數(shù)量隨著數(shù)據(jù)量及讀長的增加而增加。數(shù)據(jù)拼接的策略會(huì)顯著影響微衛(wèi)星的篩選結(jié)果，即K值越大，產(chǎn)生的微衛(wèi)星數(shù)量少，但這些位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)多，暗示了更高的多態(tài)性。另外，轉(zhuǎn)錄組得到的微衛(wèi)星位點(diǎn)相對(duì)于基因組位點(diǎn)顯示出較低的多態(tài)性但更易于與功能位點(diǎn)相關(guān)。
研究結(jié)果近期以題為“Microsatellite development from genome skimming and transcriptome sequencing: comparison of strategies and lessons from frog species”發(fā)表在國際基因組學(xué)期刊《BMC Genomics》上。
六種蛙類基因組不同拼接策略得到的微衛(wèi)星位點(diǎn)差異
轉(zhuǎn)錄組和基因組篩選得到的微衛(wèi)星多態(tài)性差異比較